微波干燥设备是使用了电磁场的热效应和生物效应的一起作用的成果。微波对细菌的热效应是使蛋白质改动，使细菌失掉养分，繁衍和生计的条件而逝世。微波对细菌的生物效应是微波电场改动细胞膜断面的电位散布，微波干燥设备影响细胞膜周围电子和离子浓度，然后改动细胞膜的通透功用，细菌因而养分不良，不能正常推陈出新，细胞布局功用失调，成长发育遭到按捺而逝世。此外，微波能使细菌正常成长和安稳遗传繁衍的核酸RNA和脱氧核糖核酸DNA，是由若干氢键松懈，开裂和重组，然后诱发遗传基因突变，或染色体畸变乃至开裂。

微波是在电真空器材或半导体器材上通以直流电或50Hz的交流电，使用电子在磁场中作特别运动来取得的。这种运动能够简略的这样来解释一下：介质从电布局看，一类分子叫无极分子电介质，另一类叫有极分子电介质。在通常情况下，它们都呈无规则摆放，如果把它们置于交变的电场之中，这些介质的极性分子取向也跟着电场的极性改动而改动，这就叫做极化。外加电场越强，极化作用也就越强，外加电场极性改动得越快，极化得也越快，分子的热运动和相邻分子之间的冲突作用也就越剧烈。在此过程中即完成了电磁能向热能的变换，当被加热物质放在微波场中时，其极性分子随微波频率以每秒几十亿次的高频来回摇摆、冲突，发生的热量足以使物料在很短的时刻内到达热干的意图。

微波杀菌设备惯例加热如火焰、热风、电热、蒸汽枯燥等都是使用热传导的原理，将热量从被加热物外部传导入内部，逐渐的使物体中间温度升高，称之为外部加热。要使中间部位到达所需的温度需求必定的时刻，导热性较差的物体所需时刻就更长。而微波能的枯燥特色，微波能能够穿透物体内部里外一起加热，频率为2450MHZ，以每秒24亿5千万次的震动，分子之间相互冲突发生热量，自个发热。

微波干燥设备是经过特别热和非热的效应灭菌，与惯例热力灭菌对比，能在对比低的温度和较短的时刻取得所需的消毒灭菌作用。通常灭菌温度在75-80摄氏度，就能到达作用，此外微波处置食物能保存更多的养分成分和色、香、味、形等风味，具有膨化作用。如惯例热力处置的蔬菜保存的维生素C是46%-50%，而微波处置是60%-90%；惯例加热猪肝维生素A坚持率为58%，而微波加热为84%。